Патогенез красного плоского лишая до сих пор не полностью изучен, но существуют несколько теорий, объясняющих его развитие. Одна из основных теорий предполагает аутоиммунный характер заболевания, при котором иммунная система организма атакует собственные клетки кожи и слизистых оболочек. Возможная роль в этом процессе принадлежит активации Т-лимфоцитов, которые провоцируют воспалительные реакции. Также обсуждается вклад генетических факторов, вирусных инфекций и неврологических расстройств. Все эти теории подчеркивают сложность и многофакторность механизмов развития красного плоского лишая.