Микробная флора кишечника участвует во многих жизненно важных процессах микроорганизма, являющейся для него средой обитания. Одна из основных функций нормальной микрофлоры-защитная. Участие нормальной микрофлоры кишечника в обменных процессах организма человека определяется, с одной стороны, утилизацией кишечными микроорганизмами непереваренных пищевых соединений и инактивацией биологически активных веществ, выделяющихся с пищеварительным соками, а с другой стороны, синтезом представителей нормофлоры кишечника витаминов группы В, витамина К, никотиновой и фолиевой кислоты, биологически активных соединений: эстрогенов, промазина, колхицина, дигоксина и др. Одной из важнейших функций микрофлоры организма человека является её участие в формировании иммунобиологической реактивности организма.